Aunque la marca sea la misma, Expedia... una es .es y la otra .com. Son "oficinas" distintas, puesto que cada una tiene código identificativo diferente. No todos esos códigos tienen acceso a todas las tarifas y no tienen porque ser las mismas. La decisión de que tarifas ve una oficina, en un caso la web expedia.es y que oficina ve otras, en el otro caso la web expedia.com, la tiene la aerolinea. Por ese motivo, webs diferentes, ofrecen tarifas diferentes.
Y si, la tasa YQ, que asi se llama, es un robo... y si, unos la cobran y otros no, pero acabaran cobrándola todos.

Saludos.