La Serie narra la historia de un chico llamado Jaden Yuki, el cual ingresa a una Academia de Duelos (fundada por Seto Kaiba) para así lograr su sueño de convertirse en el Mejor Duelista del Mundo. Además, junto con sus amigos Syrus y Chumley, tendrán que salvar al mundo de los nuevos peligros que acechan.