La teoria de la indoctrinacion presume que Shepard fue indoctrinado levemente durante toda la saga debido a su cercano contacto con los Reapers y sus artefactos. Siendo la cuspide de la indoctrinacion el momento en el que recibe la descarga en Arrival, unos meses antes de los hechos del ME3.
Dicen, por la presencia de arboles similares a los sueños con el Starchild, el ruido caracteristico de los Reapers, el hecho de q escuches las comms con todo el traje destruido, q tengas balas infinitas, etc, etc. Que todo lo ocurrido desde el laser de Harbinger es una alucinacion de Shepard que representa su lucha interna contra la indoctrinacion.
Que la eleccion de controlar o hacer simbiosis con los Reapers representan la perdida de Shepard frente a la indoctrinacion, mientras que la de destruir representa la de vencer, ya que deriva en el despertar de Shepard en la Tierra.
No es mucho final si consideramos la indoctrinacion como verdadera, ya que significa que la batalla continua.
Aunq tampoco se me ocurre otra forma de presentar la teoria de la indoctrinacion de una forma tal que le de una conclusion a la historia. A menos que haga DLC continuando de ese punto, q lo dudo.