Cuando cambiaste el rígido... ¿tuviste en algún momento los dos conectados? Osea, pusiste el que tenías de esclavo para pasar las cosas que ahí tenías. Si los rígidos tuvieron contacto, entonces no me atrevería a descartar la posibilidad de un malware. Si en cambio, nunca tuviste los dos rígidos conectados al mismo tiempo, entonces sí descartaría esa opción.

No creo que haya sido un problema de temperaturas que te jodieron algo, porque los programas no se cierran, directamente se reiniciaría la máquina.

Yo te diría, que como primer medida, limpies bien toda la máquina. Fijate que en este foro hay varios threads/posts con consejos sobre como limpiar una máquina.