Rarísimo! no daberia hacer eso. Yo saqué todo del msconfig para probar algo y entra lo mas bien.

Fijate de entrar en "modo a prueba de fallos", (tenés que reiniciar la PC y apretar mucho "F8" cuando se está iniciando, si te aparece un cartel que te pregunta si querés iniciar con la disquetera, la lectora o el disco duro, apretá escape y seguí con el F8 hasta que te aparezca una lista tipo DOS con las distintas opciones de arranque del buindous)
Luego fijate si podés entrar al msconfig y dejar todo como estaba, o al menos hasta que te arranque el escritorio