Bajate el memtest86 y proba las memos.

También bajate el prime95 o el orthos y hace un test general.

Con el tema del booteo, tenés que darle prioridad al SATA antes que al IDE; lo que te está pasando es que utilizás el mbr del IDE. Cualquier cosa, para asegurarte, cuando instales un SO dejá conectado sólo el HD en el que quieras tener el sistema... osea, en este caso, desconectá el IDE y después sí ponete a instalar el SO.

Otra cosa que te diría que pruebes, es meterle otro SO un tiempo a ver si te sigue apareciendo el error; probar con un win vista es una buena opción.