Te equivocas en varias cosas. Pero solo para señalarte 2:
1) hay MUCHOS mas de 2 mobos con PCI-e
Solo a modo de ejemplo en MSI:

K8N Diamond para amd :
http://www.msi.com.tw/program/produc...il.php?UID=638

K8N Neo4 Platinum para AMD:
http://www.msi.com.tw/program/produc...il.php?UID=637

925XE Neo Neo Platinum para Intel:
http://www.msi.com.tw/program/produc...il.php?UID=635

ya vamos 3 y en 1 solo fabricante.

En DFI:
Para AMD:
3 modelos del lanparty con PCI-E:
http://www.dfi.com.tw/Product/produc...et+939&SITE=US

Aca hay 3 mobos mas con PCI-E para Intel (chipset 915 y 925):
http://www.dfi.com.tw/Product/produc...et+775&SITE=US

En ASUS:

6 modelos para Intel:
http://www.asus.com/products2.aspx?l1=3&l2=11

3 modelos para AMD en socket 939:
http://www.asus.com/products2.aspx?l1=3&l2=15

Esos son 18 modelos de mobos con PCI-E en solo 3 de los fabricantes. Faltan un par mas (epox y Abit por ejemplo).

Con respecto a lo que decis de los fabricantes, si bien es cierto que el AGP no estaba tan cerca de convertirse en cuello de botella de las placas de video, una implementacion como el SLI le da muchisima mas flexibilidad, durabilidad y performance al PCI-E en comparacion al AGP. Ademas (y esto para mi es lo mas importante) esta pensado tambien para reemplazar al PCI, un bus que ya es viejo y si se ha convertido en un cuello de botella en la arquitectura X86 actual.

Saludos