SI es un lio eso, muchos programas se cagan, proba pasando las carpetas de usuarios al disco D: entonces podes salvar a las aplicaciones que se cagan por el tema de permisos y seriales que se guardan en la carpeta de usuario. La carpeta que tenes que pasar a D: es Documents&Settings, busca guias en internet proque no es tan simple como copy paste

Haciendo eso podes formatear C: todas las veces que quieras y nunca perder tu escritorio, tus favoritos de IE o Firefox, tus configuraciones etc, en esencia, ahi esta el alma de tu pc, salvando D&S te evitas esa cosa fea despues de formatear que la pc no parece mas la tuya.