Los Arcane Missiles al igual que todos los spells channeled, sólo hacen un LoS check al momento de empezar a castear. Antiguamente hacía un check para cada misil pero en algún parche se removió y ahora sigue las mismas reglas que, por ejemplo, el Drain Life.

O sea, si al momento de empezar a castear el objetivo está en línea de visión, el spell se va a terminar de castear por más que te escondas.

Esto es así, no es ningún bug.