Acusaciones de Salvatore Mancuso
El 15 de mayo de 2007 el ex jefe paramilitar Salvatore Mancuso, en el marco del proceso de sometimiento a la ley de justicia y paz, declaró en versión libre que Santos le había propuesto a Carlos Castaño una alianza para derrocar al entonces presidente Ernesto Samper y un cese bilateral al fuego en un acuerdo mancomunado con los grupos guerrilleros.[8] Dichos señalamientos no eran nuevos ya que Samper había acusado a Santos de conspirador durante su gobierno; las declaraciones de Mancuso revivieron la polémica y fueron respaldadas por sectores de la guerrilla del ELN quienes adelantaban conversaciones de Paz con el gobierno Uribe en Cuba desde donde aseguraron que Santos planeaba un Golpe de Estado apoyado por algunas élites.[9] Como Ministro de Defensa, Santos negó las acusaciones y dijo que él sí conversó con los grupos armados y que quería que Samper dejara el gobierno pero que nunca propuso derrocarlo. Por este hecho y por un escándalo sobre escuchas ilegales por parte de la inteligencia policial, así como por realizar polémicas declaraciones que han deteriorado las relaciones con Venezuela, los partidos de oposición al gobierno y el partido Cambio Radical perteneciente a la coalición uribista, propusieron en el Congreso una moción de censura que fue debatida en diferentes sesiones.[10] El 13 de junio de 2007, la moción fue votada en el congreso siendo favorable para Santos después de que el Partido Cambio Radical, reversara su decisión de apoyar la moción.
Falsos Positivos
Artículo principal: Escándalo de los falsos positivos
Juan Manuel Santos ejercía como ministro de Defensa cuando se desató el escándalo de los llamados "Falsos Positivos" durante el gobierno de Álvaro Uribe Vélez. Sectores críticos al gobierno y defensores de derechos humanos así como organizaciones internacionales han puesto en tela de juicio algunos aspectos de la aplicación de la Política de Seguridad Democrática del Gobierno que habrían permitido que este tipo de conductas criminales se propiciaran. Dentro de las diferentes irregularidades encontradas por una comisión ad hoc de evaluación reveladas por la revista Semana se encuentran:
* La utilización indebida por parte de militares y civiles de la Directiva 29 firmada por el anterior Ministro de Defensa Camilo Ospina, en la que se establece un régimen de incentivos económicos (Recompensas) por la información o entrega de miembros de grupos armados ilegales o material de intendencia.
* Reportes sobre las distintas irregularidades cometidas por miembros de la Fuerza Pública en los departamentos de Antioquia, Meta, Córdoba, Norte de Santander y Casanare al reportar supuestas bajas. La Fiscalía General de la Nación de Colombia investiga 1000 desapariciones forzadas denunciadas ante la Unidad de Derechos Humanos que estarían relacionadas con los llamados falsos positivos.[11]
Por estas razones se cuestiona su "responsabilidad política" como Ministro de Defensa.[12] El 4 de noviembre admitió públicamente la existencia de Ejecuciones Extrajudiciales en Colombia por parte de las Fuerzas Armadas bajo su mando.[13] Ese mismo día, después de que 27 oficiales del Ejército fueron retirados discrecionalmente del servicio activo, el General Mario Montoya, quien ejercía como Comandante del Ejército de Colombia, renunció a su cargo.[14]
Posteriormente, Santos ha dicho que los llamados falsos positivos son cosa del pasado y expresó que "Nunca quisimos tapar nada, todo lo contrario. Hemos abierto a todas las investigaciones toda la información".[15]
Operación Fénix
Artículo principal: Operación Fénix
Un juez ecuatoriano dictó orden de captura contra Santos y otros miembros de la cúpula militar colombiana por la operación que dio de baja al comandante guerrillero de las FARC, alias "Raúl Reyes", que también produjo la muerte de un ciudadano ecuatoriano y cuatro mexicanos que se encontraban en el campamento guerrillero. La orden generó polémica en Colombia debido a su defensa en la lucha contra el terrorismo y el Gobierno colombiano repudió la orden de captura. Correa por su parte defiende la orden de captura y pidió a la Interpol la captura de Santos, petición que fue rechazada por el organismo internacional. El 18 de mayo de 2009, Juan Manuel Santos presentó renuncia a su cargo como Ministro de Defensa para no inhabilitarse a su aspiración presidencial.
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