En relación al modo de juego me refiero yo, si es muy similar: hablar con NPC's, hacer "Quests" upgradear armas, etc..(lo unico distinto es que lo podés poner el 3ra persona)
Pero el STALKER es un mundo aparte, además la historia es sublime. No diría que es "peor", pero para mío el STALKER lo supera sin problemas.
El tema es que FO3 no esta hecho como shooter, el STALKER si.

Hablar con NPC ---> en FO3 es mejor ya que podes putearlos o chuparles las medias.

Los enemigos a veces son re pelotudos. Y la ambientacion, ni en pedo se le acerca al STALKER.