Evolución histórica
Durante el gobierno de Carlos Saúl Menem, el diario se mostró crítico con su programa de gobierno, lo que llevó al entonces presidente a calificarlo de "su principal opositor". [cita requerida] El periodismo de investigación que desarrollaba denunció muchas organizaciones de corrupción gubernamental como los titulados Swiftgate, el Narcogate, el Yomagate, el Milkgate, entre otros.
En 1994, ya con Ernesto Tiffenberg como director, los problemas financieros derivaron en el despido de más de sesenta trabajadores. Se rumoreó que la acción respondía a los intereses del Grupo Clarín, que había adquirido en secreto la mayoría del paquete accionario. Años después, Lanata confirmaría esa versión, que fue desmentida tanto por el Grupo Clarín como por los responsables de Página/12.
Jorge Lanata contó muchas veces la negociación que debió llevar a cabo con Héctor Magnetto, del diario Clarín.3 Magnetto le dirá a su biógrafo que la transacción se debió a un préstamo de dinero para salvar al diario de la quiebra.4 Cuando la deuda fue saldada, la relación con Clarín y su conexión entre líneas editoriales finalizó.
En 1998, le seguiría otro éxodo, protagonizado por periodistas que se incorporaron a la revista XXI que dirigía Lanata.
En 2002, la iniciativa del propietario Sokolowicz de asociarse al empresario Daniel Hadad para comprar el Canal 9, por entonces Azul TV, provocó el airado rechazo de sus colaboradores, que afirmaron en un comunicado su decisión de "impedir cualquier intento de que las ideas que profesan el señor Hadad o sus mandantes hagan pie en éste espacio".
En 2003, Página/12 era el segundo entre los medios que más pauta oficial recibían, después de Clarín, y por delante de La Nación, según informa Poder Ciudadano.5
El 23 de octubre de 2004, el editor de la sección económica, Julio Nudler, protestó ante lo que consideró la censura editorial de uno de sus artículos.6 El diario adujo que era lógico que apoyasen políticas de un gobierno con el que coinciden en aspectos ideológicos. Horacio Verbitsky terminaría publicando la nota dentro de su doble página, pero junto a un artículo donde argumentaba que lo escrito por Nudler estaba plagado de errores, y que por lo tanto era lógico el rechazo del matutino.7