Si tenes Windows 7, por defecto viene desactivado.

Sino para que un pendrive en particular no te ejecute nada en autorun podes hacer lo siguiente.

Abris un notepad y lo guardas vacio como "autorun.inf" (fijate de guardarlo como "todos los archivos") y lo pegas en la raiz del pendrive.

Despues vas a Inicio > cmd, y en la ventana de comando vas al volumen del pendrive (E:, F:, lo q tenga asignado) y pones lo siguiente:

attrib autorun.inf -h -r -s