En un torneo en el que fueron Brandon, Eddard, Benjen y Lyanna que se hizo en Harrenhal si no tengo mal entendido, ganó por una de esas casualidades Rhaegar desmontando a Ser Barristan Selmy (y este último dice que Rhaegar no era exactamente el más capo del universo en las armas como Viserys le decía a Daenerys), Rhaegar en vez de coronar como reina de la belleza a su esposa, Elia Martell, corona con un arreglo floral de rosas invernales (guiño hacia el cuento de las rosas invernales que Ygritte le cuenta a Jon cuando este la tiene prisionera cuando se conocen en el segundo libro, también la vieja de mierda que anda cercana a Beric Dondarrion dice algo de esto) a Lyanna Stark, lo cual fue alto bardo. Poco tiempo después Lyanna Stark desaparece, aparentemente secuestrada por Rhaegar, y a todo esto ella estaba comprometida con Robert que estaba en ese momento con Jon Arryn y Eddard en The Eyrie. Brandon que estaba volviendo para Winterfell se entera, se re contra re calienta y va con cuatro amigos (uno de ellos el hijo o sobrino de Jon Arryn, algo así) a King's Landing a exigirle a Rhaegar que suelte a la hermana, al parecer no se encontraba y Brandon estuvo gritando en media corte que baje, que era un cobarde y que lo iba a matar, a lo que Aerys le dice que estaba amenazando de meurte al principe, los arresta a todos, los acusa de traición y llama a sus respectivos padres a responder por ellos. Rickard va, y bueno, pasa lo que pasa. Jon Arryn, Robert Baratheon y Eddard (y luego los Tully por el casamiento con Eddard) levantan las banderas en rebelión, ocurre la guerra, al principio sin Rhaegar, o sea que Rhaegar ya viene pasando varios meses con Lyanna, casi un año. Robert empieza a ganar, hay una batalla decisiva que le gana al Hand of the King ese que es amigo de Rhaegar que es el que terminó criando a Aegon y que Aerys acusó de traidor y lo desposeyó de todos sus bienes. Entonces Rhaegar se ve forzado a levantar un ejercito, Robert lo mata en el tridente, Eddard va a King's Landing, le ganan de mano los Lannisters, de la mano de Pycelle que hace abrirle las puertas a Tywin y Jaime que mata a los Pyromancers que iban a prender todo fuego y a Aerys. Bueno, matan a Elia con los hijos de Rhaegar, coronan a Robert, que se pelea con Eddard aparentemente por el tema de perdonar a Jaime y a los Lannisters que bajaron a los pibes de Rhaegar. Eddard sale re caliente de King's Landing con un contingente y se va a Dorne a buscar a su hermana, cuando llega a la "Tower of Joy" se encuentra con tres caballeros de la King's Guard, entre ellos Ser Arthur Dayne, que si no fuera por Howland Reed hubiera matado a Eddard (en sus palabras) y al que éste le tenía un gran respeto. Matan a los tres caballeros que protegían a la torre, entra Eddard y encuentra a Lyanna en un "lecho de sangre y rosas" donde esta le pide que le prometa algo (que aparentemente Eddard recuerda por ej. cuando Sansa le ruega por la vida de Lady), Eddard se lo promete y Lyanna muere contenta aparentemente.
En algún lugar del viaje de vuelta, tendría que haber sido concebido Jon, y ahí es donde las fechas no coinciden porque no hubo tiempo para que Jon esté con una nodriza esperando en Winterfell para cuando llegara Catelyn con Robb.
Una teoría es que Lyanna haya competido en ese o un torneo posterior como un caballero misterioso, desmontara a alguien zarpado. Y se sabe que a Rhaegar lo mandaron a averiguar quién era un caballero del que cuenta Jojen.