no te entendi un carajo la pregunta

Los teclados funcionan de forma independiente con el sistema operativo. Si tenes 2 teclados y en uno apretas la "Ñ" que el integrado no lo tiene, no importa, windows va a detectar perfectamente la Ñ.

Si hablas de grabar los macros es funciona de forma analoga, si estas grabando el macro y apretas la "A" del integrado, te va a grabar una "A" en el macro.