Hace mucho que la hice, pero, si no me equivoco...
Te haces la clave fiscal de nivel maximo que te podes hacer por web en AFIP (1 o 2, pero no 3). Luego vas a la sede de AFIP que te corresponda, y pedis que te eleven a clave fiscal 3. Si no me equivoco te piden documento (lleva copia por las dudas) y nada mas, son un par de clicks, te cambian la clave y listo. Eso es lo que yo me acuerdo, el tramite no es largo.
Aca en mi ciudad suele haber filas largas en la AFIP, pero para el cambio de clave hay una fila especial que no tiene mucha gente.