Yo uso el Media Player Classic (recomendable), pero para poner subtítulos (sin necesidad de que un reproductor soporte subtítulos),
uso el programa VobSub, es fácil de usar y solo tenes que poner el archivo del subtitulo en la misma carpeta y con el mismo nombre que la película.

Por ejemplo Subtitulo con formato *.srt (subripper)

Película: Matrix.avi
Subtitulo: Matrix.srt

Tiene muchas opciones mas, una de ellas es que podes editar los subtítulos.
http://www.free-codecs.com/download/VobSub.htm