primero necesitas saber que tipo de sistema de archivo usa tu disco rigido, si es Fat32 o NTFS.
si es NTFS antes del format vas a necesitar hacer un fdisk para crear un sistema fat32 que es la que usa el win98. para todo esto necesitas obviamente un disco de boot con win98 y que tenga el fdisk.exe o alguna utilidad que te permita crear particiones.
saludos