Windows viene con una herramienta incorporada que se llama scandisk, en la que si elegís un análisis completo checkea la superficie del disco e intenta recuperarte la info de los sectores dañados para luego marcarlos como malos. En win XP se llama "chkdsk"... cualquier cosa, cómo usarlo y demás lo podes ver en la ayuda de windows.

Otro programa que hace esto, y que es más completo, es el Norton Disk Doctor.

Sino tenés el spinrite, que también es muy bueno.