osea que tenés un CD de windows booteable, entonces hace esto:

Entra al setup y configura para que intente bootear primero desde el disco rígido (en "first boot device" tenés que poner "HDD 1" o el IDE donde se encuentre el disco -supuestamente por lo que decís sería "primary master"-); y configura como segundo lugar donde la máquina intenta bootear el CD (en "second boot device" tiene que decirte "CD" o el IDE donde se encuentre la lectora -supuestamente "primary slave"-). Guarda los cambios y reinicia la máquina.

Debería bootear directamente desde el disco rígido y continuar con la instalación de windows... si no lo hace, te va a decir que no puede bootear desde el HDD y te va a bootear desde el CD, así que ponele el CD de instalación, formatea de nuevo y comenzá la instalación que ahora sí debería salir bien.