Lo ponés en otra carpeta diferente a la del WotLK.
Podés tener ambos juegos en carpetas separadas, sin problemas.

No se de donde lo descargás.. Si usas torrent, ya lo bajás completo en una carpeta. Tendrias q cambiar el realmlist.
Si usas el instalador que está en el facebook, ejecutas el wow.exe primero y luego empieza a descargar mientras jugas o dejas el juego abierto en la pantalla de log in, o abris el backgrounddownloader.exe